Caldas ingresó a las mejores instituciones educativas de la Nueva Granada, entre ellas el Real Colegio Seminario San Francisco de Asís de Popayán y el Colegio Seminario Mayor Arquidiocesano de Popayán (hoy Universidad del Cauca), donde fue alumno de José Félix de Restrepo, y el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario, hoy Universidad del Rosario, en Santafé, la actual Bogotá, donde debido a las contrarreformas lanzadas contra el Plan de Estudios Moreno y Escandón (1774), no disfrutó de una cátedra de la entonces llamada “filosofía natural”, cátedra que fue impartida por José Celestino Mutis. De su formación en Santafé comentaría Caldas: “Los que disponían de mis estudios y de mi persona me remitieron a esa capital, me encerraron en uno de esos colegios en que no se veían otra cosa que desatinos de Materia Prima, me pusieron vino en las manos; pero no había nacido para Jurisconsulto. A pesar de castigos, reconvenciones y ejemplos, yo no pude tomar gusto a las leyes ni a Justiniano, y perdí los tres años más preciosos de mi vida”.
Recibió el título de Teólogo en la Universidad Santo Tomás (Colombia).
Por tanto, la principal formación científica que recibió Caldas fue por parte de José Félix de Restrepo, de quien relata Caldas: “Por fortuna me tocó un catedrático ilustrado que detestaba esa jerga escolástica que ha corrompido los más bellos entendimientos; me apliqué bajo su dirección al estudio de aritmética, geometría, trigonometría, álgebra y física experimental, porque nuestro curso de filosofía fue verdaderamente un curso de física y matemáticas… Me entregué a cultivar los elementos que había recibido en el curso de filosofía. Conocí que éstas no eran sino bellas semillas de las ciencias.
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